您好：感谢您通过连云港市12333综合咨询服务网发来邮件，现就您的问题答复如下：
（一）《劳动合同法》第二十二、二十三条、二十四规定：用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。另根据《江苏省劳动合同条例》第三十五条，解除或者终止劳动合同时，劳动者应当归还用人单位的财物、技术资料等，并根据用人单位规章制度、双方约定办理工作交接手续。根据法条规定，科研所与您之间的违约金约定不是法定情况，是无效条款，您无需支付违约金；福利住房是基于劳动关系成立为前提，由企业提供给劳动者的福利待遇，双方已在劳动合同中进行了约定，如劳动者提前离开单位，则需按照约定退回福利住房。
因此您无须支付违约金，但应退出房屋。如果单位仍坚持他们的做法，您可以争议发生一年内到对应的劳动保障仲裁部门申请劳动争议仲裁。
(二)《劳动合同法》第八十四条规定，用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定予以处罚。
科研所扣押您的身份证、护照属于违法行为，劳动保障监察机构应责令科研所将身份证限期退还给您，同时可由有关部门依照法律规定给予处罚。
您可以在违法行为发生的两年内向对应的劳动保障监察部门投诉。投诉应当由投诉人向劳动保障行政部门递交投诉文书。投诉文书应当载明下列事项：（一）投诉人的姓名、性别、年龄、职业、工作单位、住所和联系方式，被投诉用人单位的名称、住所、法定代表人或者主要负责人的姓名、职务；（二）劳动保障合法权益受到侵害的事实和投诉请求事项。 
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