国务院组成部门
外交部
国防部
发展和改革委员会
教育部
科学技术部
工业和信息化部
国家民族事务委员会
公安部
国家安全部
监察部
民政部
司法部
财政部
人力资源和社会保障部
国土资源部
环境保护部 
住房和城乡建设部
交通运输部 
铁道部 
水利部
农业部
商务部
文化部
卫生部
国家人口和计划生育委员会
中国人民银行
审计署

国务院直属特设机构
国有资产监督管理委员会

国务院直属机构
海关总署
税务总局
工商行政管理总局
质量监督检验检疫总局
广播电影电视总局
新闻出版总署(国家版权局)
体育总局
安全生产监督管理总局
统计局
林业局
知识产权局
旅游局
宗教事务局
参事室
机关事务管理局
预防腐败局

国务院办事机构
侨务办公室
港澳事务办公室
法制办公室
研究室

国务院直属事业单位
新华通讯社
中国科学院
中国社会科学院
中国工程院
国务院发展研究中心
国家行政学院
中国地震局
中国气象局
中国银行业监督管理委员会
中国证券监督管理委员会
中国保险监督管理委员会
国家电力监管委员会
全国社会保障基金理事会
国家自然科学基金委员会
国务院台湾事务办公室
国务院新闻办公室
国家档案局

国务院部委管理的国家局
信访局
粮食局
能源局
国防科技工业局
烟草专卖局
外国专家局
公务员局
海洋局
测绘局
民用航空局
邮政局
文物局
食品药品监督管理局
中医药管理局
外汇管理局
煤矿安全监察局
保密局
密码管理局
航天局
原子能机构
语言文字工作委员会
核安全局

政府工作部门
市发展和改革委员会（市经济协作办公室）
市经济和信息化委员会（市中小企业局）
市港口管理局（市口岸委）
市教育局
市科学技术局（市知识产权局）
市公安局
市监察局
市民政局
市司法局
市财政局
市人力资源和社会保障局
市国土资源局
市规划局
市城乡建设局（市园林局）
市城市管理局（市城管行政执法局）
市住房保障和房产管理局
市交通运输局
市水利局
市农业委员会（市林业局）
市商务局
市文化广电新闻出版局（市版权局）
市卫生局
市食品药品监督管理局

市人口和计划生育委员会
市体育局
市审计局
市统计局
市安监局
市环境保护局
市粮食局
市海洋与渔业局　
市物价局
市民族宗教事务局
市民防局（市人民防空办公室）
市旅游局
市政府外事办公室（市政府港澳事务办公室）
市政府法制办公室
市政府侨务办公室
市级机关事务管理局
市国资委

机构改革前部分部门网站
市信息产业局、市人事局、市劳动和社会保障局、市文化局、市广播电视局

市委各部门
市纪委
市委组织部
市委宣传部
市委统战部
市委政法委（综治办）
市委农工办
市台湾事务办公室
编委办
市机关工委
市委老干部局
市信访局
市委党校(市行政学院）
市委党史工办（市地方志办）
市国家保密局
市档案局(馆)

市政府直属单位
市接待办公室
市农开局
市农业机械管理局
市地震局
市供销总社
连云港师范高等专科学校
连云港职业技术学院
市农科院
民航连云港站
连岛度假区管委会
住房公积金管理中心
港口集团
连云发展集团
金海投资公司
金港湾投资公司
振兴集团
奥神集团
物产集团
轻工资产管理公司
商业资产管理公司
煤炭工业公司
金桥盐业公司
中复连众玻钢集团
汉高华威公司
建筑总公司

人民团体、民主党派
市总工会
共青团连云港市委  
市妇联
市社科联
市科协
市文联
市社科院
市残联
市侨联
市关工委
市国际贸易促进委员会
老促会
市工商联
红十字会
民革连云港市委
民盟连云港市委
民建连云港市委
民进连云港市委
农工民主党连云港市委
致工党连云港市委
九三学社连云港市委

省属单位
国家安全局
市国税局
市地税局  
连云港工商局
市质量技术监督局
邮政局
市气象局
市烟草专卖局
盐务管理局
连岛海训基地
省农垦办
设备成套局
核电公司
供电公司
石油分公司
电信局（电信公司）
移动公司
联通公司
网通公司
卫通公司
铁通公司
新华书店

部属单位
连云港海关
连云港海事局
 连云港检验检疫局
716研究所
连云港碱厂
黄海机械厂
连云港江河集团
中化工程公司
中轻物资供销公司
外运陆桥运输公司
外运公司
远洋运输公司
中煤连云港公司
中港三航局江苏公司
上海航道局第一航道工程处
中储物流中心
中蓝连海设计研究院

其他上网单位
市公证处
市公路管理处
东海县党建网
市招标投标中心
连云港福建商会
市效能投诉中心
市歌舞剧院
连云港日报社
人行连云港中心支行
连云港银监局
海州廉政网
市行政审批办
海通集团
市科教创业园区建设管理委员会